醫療設備中所使用的大多數醫療和外科設備都是由耐熱材料制成的，因此需要加熱，主要是蒸汽消毒。然而，自1950年以來，需要低溫滅菌的材料(如塑料)制成的醫療設備和儀器有所增加。環氧乙烷自20世紀50年代以來一直被用于熱敏和濕敏醫療設備。在過去的15年里，一些新的低溫殺菌系統(如過氧化氫氣體等離子體、過乙酸浸泡、臭氧)已經被開發出來，并被用于醫療設備的消毒。
滅菌可以消滅物品表面或液體中的所有微生物，以防止與使用該物品有關的疾病傳播。雖然使用未經充分消毒的關鍵物品是傳播病原體的高風險，但記錄在案的與未充分消毒的關鍵物品有關的病原體傳播極為罕見。這可能是由于衛生保健設備中使用的滅菌過程具有廣泛的安全性。什么是“無菌”的概念是用每一項滅菌的無菌概率來衡量的。這一概率通常被稱為產品的無菌保證水平(SAL)，定義為產品滅菌后單個活菌發生的概率。
與無菌的身體組織或液體接觸的醫療設備被認為是很重要的。這些物品在使用時應消毒，因為任何微生物污染都可能導致疾病傳播。這些項目包括手術器械、活檢鉗和植入的醫療設備。如果這些物品是耐熱的，建議的滅菌過程是蒸汽滅菌，因為它的可靠性、一致性和致死率是最大的安全保證。然而，對熱和濕度敏感的物品的再處理需要使用低溫滅菌技術(如環氧乙烷、過氧化氫氣體等)。
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