一旦物品被清洗、干燥和檢查，那些需要消毒的物品必須被包裝或放置在堅硬的容器中，并且應該按照AAMI和其他專業組織提供的指導方針將其放置在儀器托盤/籃子中。這些準則規定儀器應打開，帶有可拆卸部件的物品應拆卸，除非設備制造商或研究人員向相反方提供具體說明或測試數據;復雜儀器應根據設備制造商的說明書和測試數據進行配制和消毒;設有凹面裝置，以便排水;重物應放置在不易損壞易碎物品的位置;而儀器組的重量應根據儀器的設計和密度以及金屬質量的分布。雖然外科器械不再有特定的滅菌重量限制，但重金屬是濕包的原因之一。滅菌周期結束后，箱內和托盤內的水分。其他可能影響干燥的參數是包裝的密度和設計。
維持手術器械無菌的方法有多種選擇，包括硬容器、開皮袋(如醫用自封袋或熱封滅菌袋和立體紙袋)、平卷袋或立體卷袋(如，紙塑復合管材設計，允許用戶切割和密封的兩端形成一個袋)和滅菌包裝(編織和非織造布)。醫療機構可能使用所有這些包裝選項。包裝材料必須允許滅菌劑滲透，在操作過程中提供接觸污染的保護，為微生物滲透提供有效的屏障，并在滅菌后保持被加工產品的無菌性。理想的滅菌包裝應成功地解決屏障的有效性、穿透性(即，允許殺菌劑滲透)、透氣性(例如，允許消散)、易用性、可懸掛性、靈活性、耐穿性、撕裂強度、毒性、氣味、廢物處理、棉絮、成本和透明度。不可接受的包裝與箔紙、聚氯乙烯和聚氯乙烯廚房式透明包裝或過氧化氫氣體等離子體(如亞麻和紙張)一起使用，不應用于醫療包裝用品。
在中心處理中，可以按順序或不按順序(即同時包裝)。包裝應這樣做，以避免拉緊和缺口。順序包裝使用標準滅菌包裝的兩張紙，一張接一張地包裝，這個過程在一個包中創建一個包。非順序流程使用同時包裝的兩個工作表，因此包裝只需執行一次。后一種方法為手術器械提供多層保護，使其免受污染，而且由于只包一次，節省了時間。由于在設備內操作的嚴格性，多層包裝仍然是常見的做法，即使單層包裝的屏障效能在過去的幾年中已經提高了。準備包裝物品的書面和圖解程序應準備就緒，并由人員在執行包裝程序時使用。
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